O grande sucesso do MS-DOS levou ao desenvolvimento de vários sistemas operacionais semelhantes, incluindo DR-DOS, FreeDOS, OpenDOS e PC-DOS. O mais promissor desses clones é FreeDOS, que é reivindicada a ser o único sistema operacional livre que é totalmente compatível com o MS-DOS.
Desenvolvimento de FreeDOS foi iniciado em 1994 por Jim Hall, em seguida, um estudante de física na Universidade de Wisconsin-River Falls. Sua motivação foi o anúncio da Microsoft que iria parar de apoiar MS-DOS por causa de sua iminente substituição pelo Windows 95.
Como o MS-DOS, FreeDOS é magro e robusto , e pode correr em hardware antigo e em sistemas mais novos . Uma grande melhoria em comparação com o MS-DOS é a adição de opções para os comandos. Além disso, FreeDOS é liberado sob a GPL (embora alguns software na distribuição é coberta por outras licenças), tornando-se ideal para o agrupamento uma versão do DOS em produtos sem ter que pagar royalties.
Como o Linux foi originalmente desenvolvido em PCs e num momento em MS-DOS foi o sistema operacional dominante PC, uma variedade de ferramentas foram desenvolvidas para ajudar os desenvolvedores e usuários a ponte entre os dois sistemas operacionais. Entre eles está o DOSEMU, um emulador DOS que está incluído no Red Hat e outras distribuições e sobre o qual é possível executar programas DOS. Emuladores também estão disponíveis para a execução de DOS em outros sistemas operacionais Unix-like, mesmo em não-x86 processadores .
mtools é uma coleção de utilitários que facilitam o acesso a um MS-DOS disquete de Linux por apenas inseri-lo na unidade de disquete e sem ter que usar qualquer montagem comandos (que pode ser complicado para usuários inexperientes). Incluído no mtools são mais de 20 comandos, todos os quais são idênticos aos seus homólogos MS-DOS, exceto que a letra m é adicionada ao início de cada um dos seus nomes e as barras são usadas em vez de barras invertidas. Por exemplo, o comando do MS-DOS type a:\file1.txt para exibir o conteúdo de um arquivo chamadofile1.txt que está localizado em um disquete se tornaria mtype a:/file1.txt .
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